Опаковъчната хартия е порест материал; основната му структура се състои от растителни влакна и спомагателни добавки, които му придават силни хидрофилни свойства. Когато е изложена на влага, хартията се деформира; в тежки случаи може да развие петна от плесен и по време на съхранение е склонен към обезцветяване и намаляване на якостта на опън.
Складовете за съхранение трябва да се поддържат сухи, а нивата на влажност в околната среда трябва да се контролират стриктно. Когато подреждате хартия, тя трябва да бъде повдигната с помощта на дървени траверси-разположени приблизително на 25 мм над пода-и държани на разстояние от стените. Трябва да се поддържат значителни празнини между палетите, за да се улесни адекватната вентилация. След като са подредени, хартията и палетите трябва да бъдат сигурно опаковани заедно с помощта на стреч фолио. Инвентарът трябва да се проверява периодично-като се обръща специално внимание на състоянието на най-долните-повечето палети-и принципът „Първи-първи-излезе“ (FIFO) трябва стриктно да се спазва, за да се предотврати влошаване на качеството на хартията, причинено от продължително съхранение. По време на употреба-особено след нарязване или по време на процеса на печат-всички остатъци от хартия или неизползвани материали трябва незабавно да бъдат опаковани в стреч фолио, за да се предпазят от влага.
При транспортиране на чупливи артикули, смачканата опаковъчна хартия може да се използва като запълващ-материал, който да заема празни пространства в контейнера за транспортиране, като по този начин предотвратява разместването на артикула и надраскване на повърхността [16]. Картонените кутии, изработени от опаковъчна хартия, също изискват защита срещу влага; освен това, като се има предвид тяхната ниска точка на запалване, трябва да се спазват специални предпазни мерки за пожарна безопасност по време на съхранение. Картонените кутии, предназначени за опаковане на храни, не трябва да се използват повторно, тъй като това рискува разпространението на бактерии и компрометира безопасността на храните.